Электронные деньги наравне со своими преимуществами имеют и ряд недостатков: 

• отсутствие устоявшихся и проверенных временем правовых регуляторов, — многие государства еще не определились с законодательным окружением, которое бы регулировало все процедуры, связанные с электронными деньгами;
• несмотря на отличную портативность, электронные деньги нуждаются в специальных информационно-технологических и технических инструментах и средствах хранения и обращения;
• как и в случае наличных денег, при физическом уничтожении носителя электронных денег, восстановить денежную стоимость владельцу невозможно;
• слабая узнаваемость электронных денег — без специальных электронных устройств нельзя легко и быстро определить, что это за предмет, как невозможно быстро определить сумму и другие количественные и качественные характеристики электронной наличности;  
• криптографические методы и средства защиты, которые сегодня применяются в информационных системах управления электронными деньгами еще не имеют длительной истории успешной эксплуатации;
• существует теоретическая вероятность того, что заинтересованные лица смогут отследить персональные данные субъектов электронного денежного обращения и вне банковской системы;
• безопасность (защищенность от хищения, подделки, изменения номинала и т. п.) пока еще недостаточно подтверждена;
• теоретически возможны хищения электронных денег - этого можно добиться, разрабатывая и используя передовые инновационные методы, а также используя недостаточную зрелость технологий защиты.

Если говорить о проблемах внедрения, которые тоже существуют, то можно сообщить следующее.

Центральные банки большинства государств весьма настороженно относятся к развитию электронного денежного обращения. Основную угрозу они видят в неконтролируемой эмиссии, а также в риске большого количества возможных злоупотреблений.

Несмотря на то, что электронная наличность потенциально обеспечивает достаточно много положительных эффектов, таких как удобство использования и конфиденциальность, меньшие сопутствующие сборы, новые возможности для бизнес-сообщества с переносом финансово-экономической активности в Интернет, существует много спорных вопросов касательно внедрения электронных денег.

Также создание и эксплуатация электронных валют вызывает ряд дополнительных вопросов, связанных с налогообложением и вопросами процедур отмывания денег. Также многие государства волнует проблема конфиденциальности и возможной утечки персональных данных своих граждан.

При использовании электронных денег могу появиться и негативные макроэкономические эффекты: такие как нестабильность обменного курса, нехватка реального денежного обеспечения. То есть может появиться вероятность того, что количество виртуальных денег в какой-то момент превзойдет количество реальных денег.

Также проблемы с использованием электронных денег могут возникать из-за их ликвидности, выраженной в стоимости реальных деньгах, а также с обязательствами, которые накладываются на эмитента (аналогично проблемам, которые возникают при использовании ценных бумаг).